Sau cuộc nổi loạn của Thebes chống lại Hyksos và với sự cai trị của Ahmose I, thần Amun nâng tầm quan trọng lên quy mô quốc gia, thể hiện việc kết hợp với thần Mặt trời Ra, trở thành thần Amun-Ra.

Vào thời kỳ Tân vương quốc, Amun được nâng lên hàng đấng sáng tạo vũ trụ, Ai Cập lúc này theo thuyết độc thần. Ông được coi là cha và người bảo vệ cho các pharaoh. Ahmose-Nefertari, người chị/em gái, đồng thời là vợ của Ahmose I, được phong tặng danh hiệu "Vợ của Amun". Danh hiệu này được dùng để gọi các bà chính cung của các pharaoh. Nữ hoàng Hatshepsut cho rằng, mẹ của bà đã thụ thai với Amun (dưới hình hài của Thutmose I)[2].

Dưới thời trị vì của Akhenaton, Amun bị thay thế bởi thần mặt trời Aten và cho xây dựng kinh đô mới tại Akhetaten (ngày nay là Amarna). Tuy nhiên, sự thờ cúng thần Aten lại bị dẹp bỏ dưới thời cai trị của pharaoh Tutankhamun, con ông, và thuyết đa thần lại được phục hồi.